中國電子口岸數據中心是海關總署、對外經濟貿易合作部、國家稅務總局、中國人民銀行、國家外匯管理局、國家出入境檢驗檢疫局、國家工商行政管理局、公安部、交通部、鐵道部、民航總局、信息產業(yè)部等12個部委，利用現代信息技術，借助國家電信公網，在互聯(lián)網上建立的公共數據中心和數據交換平臺。
中國電子口岸數據中心深圳分中心（以下簡稱"深圳分中心"），于2003年3月7日正式成立，是中國電子口岸數據中心在全國41個分支機構之一，具有獨立法人資格，經費獨立核算，深圳分中心的主要職責如下：
一、實現深圳地區(qū)各有關部門間與大通關流程相關的數據共享和聯(lián)網核查。
二、規(guī)范電子口岸數據交換標準，將大通關核心流程及相關的物流商務服務程序整合到統(tǒng)一的信息平臺，實現全國“統(tǒng)一認證、統(tǒng)一標準、統(tǒng)一品牌”，為企業(yè)進出口通關提供“一卡通”、“一站式”服務。
三、承擔電子口岸的統(tǒng)一身份認證業(yè)務，推進電子口岸平臺建設。
四、建立完善數據公開、使用授權和信息安全管理辦法，加強系統(tǒng)的安全管理工作，健全應急機制，確保系統(tǒng)的安全穩(wěn)定運行。
五、承辦深圳關區(qū)政務卡、企業(yè)卡的錄入、制作等項工作。
六、負責深圳地區(qū)中國電子口岸應用項目及聯(lián)網企業(yè)的技術支持、操作培訓、熱線咨詢，及時收集、報告項目運行情況及各方反映。
七、負責深圳地區(qū)用戶集中托管服務器的運行、維護管理。
八、承接其他應用軟件開發(fā)及技術服務工作。
九、負責深圳地區(qū)電子口岸的職能及相關承建工作。
十、承辦中國電子口岸數據中心交辦的其他事項。